Na Primeira Fase, os 20 clubes foram divididos em quatro grupos com cinco clubes cada. Os clubes enfrentarão apenas os rivais dos outros grupos em 15 jogos. Os dois melhores colocados de cada grupo se classificarão para a próxima fase. Por outro lado, os seis piores na classificação geral serão rebaixados.

Caso em um só grupo estejam os cinco clubes com o menor número de pontos, classifica-se para as quartas de final os dois melhores 3ºs colocados dos demais grupos. Caso em um só grupo estejam quatro clubes com o menor número de pontos, classifica-se para as quartas de final o melhor 3º colocado dos demais grupos.

As quartas de final e a semifinal serão disputadas em jogo único. Apenas a decisão terá jogos de ida e volta. Nas quartas de final, os confrontos serão entre o líder e o vice-líder dos próprios grupos. Por exemplo: 1º colocado do Grupo A x 2º colocado do Grupo A e assim por diante. Na semifinal, o melhor colocado na somatória dos pontos, pegará o 4º colocado, enquanto o 2º enfrentará o 3º.

Em caso de empate nas quartas de final e na semifinal, a decisão será nos pênaltis. Os melhores colocados só têm a vantagem de jogar em casa. Os três melhores colocados terão vagas na Copa do Brasil 2017. Os dois melhores colocados, desconsiderando aqueles que já estão nas Séries A, B e C, terão vagas na Série D do Brasileirão em 2016 e 2017.

CRITÉRIOS DE DESEMPATE:

1 - Maior número de vitórias;
2 - Maior saldo de gols;
3 - Maior número de gols pró;
4 - Menor número de cartões vermelhos;
5 - Menor número de cartões amarelos;
6 - Sorteio.