Na primeira fase, sem as presenças de Ceará e Fortaleza que disputarão a Copa do Nordeste, os nove clubes se enfrentarão em jogos de ida e volta. O primeiro colocado se classificará e entrará na segunda fase com dois pontos de bonificação, além de garantir presença na Copa do Brasil 2014.

O segundo colocado ganhará um ponto extra para a disputa da segunda fase. Além destes dois clubes, se juntarão a Ceará e Fortaleza: terceiro, quarto, quinto e sexto colocados. Os dois últimos colocados serão rebaixados.

Na segunda fase, os oito clubes se enfrentarão em jogos de ida e volta. Os quatro melhores colocados se classificarão para as semifinais. Esta fase, assim como a final, serão decididas no sistema de mata-mata. O campeão terá vagas na Copa do Brasil e na Copa do Nordeste. O vice-campeão ficará com uma vaga na Copa do Nordeste. O melhor clube classificado, excluindo Icasa, Ceará, Fortaleza e Guarany, terá vaga na Série D.

CRITÉRIOS DE DESEMPATE:
1 - Maior número de vitórias;
2 - Melhor saldo de gols;
3 - Maior número de gols pró;
4 - Confronto direto;
5 - Sorteio.

CRITÉRIOS DE DESEMPATE DO MATA-MATA:
1 - Melhor saldo de gols na somatória de 180 minutos;
2 - Maior número de gols marcados sem o mando de campo (critério usado apenas com clubes de cidade diferentes);
3 - Melhor campanha. Na semifinal contarão os resultados da segunda fase e na final, os resultados da segunda fase da semifinal.